FlexGate ondersteunt uitgebreide facturatiemogelijkheden. Naast de mogelijkheid om aangenomen werk in termijnen te factureren, ondersteunt FlexGate een heel scala aan tariferingsmechanismen voor facturatie op basis van nacalculatie.

Facturen kunnen zowel in papieren vorm worden geproduceerd als elektronisch. De elektronische facturatie voldoet aan de Europese richtlijnen voor authentificatie. Facturen kunnen vanuit FlexGate desgwenst automatisch geïncasseerd worden via de koppeling met de banken. FlexGate houdt de betalingsstand per factuur bij. Automatische interne facturatie tussen de verschillende bedrijven in FlexGate wordt eveneens ondersteund. Ook rentefacturen in geval van overschreiding van de betalingstermijnen kunnen automatisch met FlexGate worden verstuurd.