De E – Payroll module van FlexGate ondersteunt de salarisverwerking van maand-, 4-wekelijkse, week- en uurloners. Vanzelfsprekend maken de voorschottenadministratie, automatische betalingen, kasbetalingen, terugwerkende krachtberekeningen, vakantiebonnen e.a. onderdeel uit van de module.

Vanaf 1 januari 2006 ondersteunt FlexGate de elektronische aangifte aan de belastingdienst en vanaf 1 juli 2006 de eerstedagmelding. Loonstroken en jaaropgaves kunnen zowel op papier als elektronisch aan medewerkers beschikbaar worden gesteld.